Create separate script for meter creation

The script create_meter saves the (polynomial) coefficients with the
writematrix function as *.mtr file. The wanted meter is then loaded
interactively in the main script.
This commit is analogous to the refactoring of mask creation.

Create separate script for mask creation

The script create_mask saves the mask as P4 NetPBM (binary BitMap)
which is then loaded in the main script (Bubliny.m)

Refactor last_path handling out of get_data_dir

This is done so that the logic can be used with function other than
uigetdir (eg. uigetfile)

Add legend, axes labels and time to the plot

Refactor get_aggregate_images out

Remove pointless comentary

Change the image shown after mask acquisition

It was meant to be this kind of image instead of the instensity plot in
the previous commit.

Implement the prototype of the data analysis

Also get rid of some pointless comments and commands.

Implement get_meter function

This function return a (polynomial) function (handle) which takes
coordinates in pixels in and returns coordinates in meters.
The order of the polynomial may specified in the third input with first
order (linear) being default.

Rework get_mask function

Move get_mask to get_simple_mask, and make get_mask get the final mask.

Increase default strength of clean_mask

Implement image mask computation and usecase

The mask is useful to filter the regions that are not interesting,
that could make further processing more difficult.

Remove majority of Bubliny.m

This is a start of major rewrite, so much of the code is thrown out.
The seed of the idea is implemented - maxfig, minfig and meanfig.
Those three hold the maximum, minimum and mean value of each pixel
during the whole measurement and should hold info about how to further
process the data.

Change inner loop indexing

The inner loop now uses iteration counter as index and calculates a
separate index for files. This makes the allocated memory smaller and
indexing of some variable easier, especially plotting makes more sense.

Make (Universal C)tags file be ignored by git

Move LevelNum out of the loop

As it is only read from the name of the directory, there are no changes
between iterations. LevelNum should eventually track the ACTUAL level.
When that time comes, it will be reintroduced to the loop as an array.

Fix bug where a plot is rendered on incorrect fig

I dont know whether Matlab can't keep up and does not keep track of
figures, but some figures had no plots and other figures had the missing
plots. This is (hopefully) fixed by directly telling imshow and plot
what figure (axes) to use.

Refactor a small function out

The get_representative_intensities is small but I think it may get
expanded significantly. If not this is still more descriptive I think.

Deobfuscate the code a little

Move some other pieces of code outside of the loop.
Use ImageName instead of FFiles(jjj).name.

Take a few lines outside of a loop

Those lines were only executed during the first iteration so it was
moved before the loop.

Unite if branches with the same content

Add dialog window for output file selection

Add a file that holds the last used data directory

The function get_data_dir creates a (hidden) file with the path last
used. This makes it easier to use when run repeatedly.

Refactor meter from the main script as a function

Rename Bubliny2023.m to Bubliny.m

It is unnecessary to have the date in the name when the verioning system
this information.

Fix spelling mistakes

Replace deprecated xlswrite with write* functions

Make indentation use tabs, remove bad whitespace

By bad whitespace I mean whitespace that is alone on a line and
whitespace at the end of a line.

Improve compatibility with Linux version of Matlab

Substitute '\' with '/' because it works on Unix based OSes as well
as on Windows version of matlab.
Also filter out . and .. dirs.

Add the program

This program was created by Tereza Trávníčková.
As no version control was used prior to this commit, the whole project
has to be commited at once.